 Action culturelle
Toute l'année le musée propose un programme de rendez-vous réguliers à destination de tous les publics : visites thématiques, ateliers du mercredi, musique au musée, ateliers gravure…
En outre, sur rendez-vous, les groupes d'adultes et de scolaires sont accueillis par une guide-conférencière.
Enfin différentes expositions temporaires rythment la saison .
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Les animations pour les 5/12 ans 
Le musée propose deux types d'animations hors temps scolaires : les ateliers du mercredi et les anniversaires.
Les ateliers se déroulent selon une thématique trimestrielle et se déclinent en deux temps : une découverte du thème suivie d'un atelier d'expression artistique ou d'une chasse au trésor.
Les anniversaires sont proposés aux enfants qui souhaitent le fêter au musée au cours d'une chasse au trésor suivie d'un goûter.
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 Les collections
Le parcours muséographique est organisé de manière thématique et chronologique. Ainsi, le rez-de-chaussée présente une des plus remarquables collection de verreries gallo-romaines. Au 1er étage, coiffes, collections ornithologiques et mobilier vendéen évoquent le sud Vendée au XIXè s.
Enfin au 2è étage, une galerie des beaux-arts présente des artistes vendéens de renom : Charles Milcendeau, Paul Baudry, Gaston Chaissac, Jean Chevolleau…
La visite s'achève par une évocation de Fontenay le Comte à la Renaissance, période prospère économiquement et intellectuellement pour la ville, grâce aux portraits des Illustres de l'Epoque : François Viète, célèbre mathématicien, Nicolas Rapin, poète, ami du Roi Henri IV et bâtisseur du château de Terre-Neuve…
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Maquette de la ville 
Restitution de la ville, d'après le plan de Claude Masse ingénieur du Roi au XVIIIès., avant les grands travaux d'urbanisme au XVIIIè s. et le percement de la rue royale.
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